隧道公司设党委副书记（主持党委工作）、总经理1名，领导班子成员7名；设置党建工作部、办公室（党委办公室）、人力资源部（党委组织部）、工程管理部（调度室）、安全监察处、资产财务部、经营管理部、纪委机关、审计部、市场开发部、法律及合规部等11个部门，另设物资设备管理中心；下设徐州地铁总包项目部、机电分公司、上海分公司、华北分公司、王家岭TBM项目部、广元EPC项目部、徐州市政项目部、江苏项目部、武汉冻结项目部等9个分支机构。