隧道公司设党委书记、副总经理1名，党委副书记、总经理1名，领导班子成员7名，副总师2名；设置党群工作部、办公室、人力资源科、工程管理科、安全监察处、调度室、财务管理科、企业管理科、纪委机关、审计科、市场开发部、考核办、物资供应管理中心、机电设备管理中心等管理部门；下设徐州地铁3号线二期总包项目部、冻结区域分公司及项目部、盾构项目部、徐州市政项目部等施工机构。